Theo Công văn số 11797/BTC-TCT của Bộ Tài Chính hướng dẫn và bổ sung nội dung công văn số 1752/BTC-TCT. Công văn hướng dẫn xử lý các hóa đơn mua vào có nguồn gốc phát hành từ các doanh nghiệp đã ngừng kinh doanh hoặc bỏ trốn khỏi địa điểm kinh doanh có dấu hiệu mua bán hóa đơn bất hợp pháp nhưng chưa có kết luận chính thức của cơ quan thuế hoặc các cơ quan chức năng như sau:
* Nếu doanh nghiệp chưa thực hiện kê khai khấu trừ thuế GTGT thì Cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp biết để tạm dừng kê khai khấu trừ thuế GTGT đối với các hóa đơn có dấu hiệu vi phạm pháp luật, chờ kết quả chính thức cơ quan có thẩm quyền.
* Nếu doanh nghiệp đã kê khai khấu trừ thuế GTGT thì cơ quan thuế thông báo bằng văn bản cho doanh nghiệp biết để kê khai điều chỉnh giảm số thuế GTGT đã khấu trừ.
Trường hợp doanh nghiệp khẳng định việc mua bán hàng hóa và hóa đơn GTGT đầu vào sử dụng kê khai khấu trừ là đúng quy định thì:
– Doanh nghiệp phải cam kết chịu trách nhiệm trước pháp luật.
– Đồng thời cơ quan thuế phải thực hiện thanh tra, kiểm tra tại doanh nghiệp để kết luận và xử lý vi phạm theo quy định. Trong quá trình thanh tra, kiểm tra phải thực hiện xác minh, đối chiếu với doanh nghiệp có quan hệ mua bán về một số nội dung như sau
+ Kiểm tra, xác minh về hàng hóa: Hợp đồng mua bán hàng hóa (nếu có); hình thức giao nhận hàng hóa; địa điểm giao nhận hàng hóa; phương tiện vận chuyển hàng hóa; chi phí vận chuyển hàng hóa; chủ sở hữu hàng hóa và nguồn gốc hàng hóa (trước thời điểm giao nhận hàng hóa)
+ Kiểm tra xác minh về thanh toán: Ngân hàng giao dịch; đối tượng nộp tiền vào tài khoản để giao dịch; số lần thực hiện giao dịch; hình thức thanh toán; chứng từ thanh toán.
+ Kiểm tra xác minh về xuất khẩu hàng hóa: Tờ khai hải quan có xác nhận thực xuất của Cơ quan hải quan; chứng từ thanh toán qua ngân hàng; Vận đơn (nếu có).
Qua thanh tra, kiểm tra nếu xác minh được việc mua bán hàng hóa là có thực và đúng với quy định của pháp luật thì doanh nghiệp được khấu trừ, hoàn thuế GTGT; đồng thời doanh nghiệp phải cam kết nếu trong các hồ sơ, tài liệu doanh nghiệp xuất trình cho cơ quan Thuế sau này phát hiện có sai phạm, doanh nghiệp phải chịu trách nhiệm trước pháp luật.
* Nếu việc tạm dừng khấu trừ thuế dẫn đến tăng số thuế GTGT phải nộp thì Cơ quan thuế có trách nhiệm tổng hợp, theo dõi các trường hợp này, chưa yêu cầu nộp và chưa tính phạt nộp chậm chờ kết luận chính thức của Cơ quan có thẩm quyền.